Выводы сделанные при камеральной проверке не являются окончательными и могут быть изменены при выездной проверке. Такой вывод можно сделать из письма ФНС Росии от 07 июня 2018 года.
Налоговые органы следующим образом объясняют данные обстоятельства: выездная налоговая проверка обеспечивает более глубокий контроль и поэтому во время её проведения возможно выявление нарушений, которые были пропущены при камеральной проверке. Следовательно в случае, если выездная налоговая проверка обнаружит нарушения пропущенные при камеральной налоговой проверке, налогоплательщик может быть привлечен к ответственности и ему могут быть начислены пени за несвоевременную уплату налогов.
Кроме этого в случае, если налог на прибыть организации входил в предмет налоговой проверки, то налоговый орган обязан уменьшить налоговую базу по этому налогу на сумму доначисленного налога. В случае спора с налоговыми органами об уменьшении налоговой базы суды обычно встают на сторону налогопательщиков, указывая на обязанность налоговиков делать соответствующие корректировки самостоятельно.
Также из письма ФНС России следует, что определение действительных налоговых обязательств налогоплательщиков в том числе является целью выездной налоговой проверки.
В случае, если налогоплательщики предоставляют уточнённые налоговые декларации после составления акта выездной налоговой проверки, налоговый орган вправе, но не обязан учитывать их показатели после выездной проверки. В таких случаях ФНС имеет право проводить дополнительные мероприятия по контролю и учёту налоговых деклараций, а также провести повторную выездную налоговую проверку.